STORY
日本の狩衣をつけた王子タミーノが大蛇に追われて気を失うと、夜の女王に仕える3人の侍女が彼を助け、王子のことを報告しに女王のもとへ去る。そこへパパ ゲーノが現れ、王子を助けたのは自分だと王子に嘘をついて自慢してみせる。パパゲーノの語源は古代フランス語で鸚鵡のこと。物語の中では鳥刺（鳥を捕まえ る者）で、高貴な王子タミーノとは対照的な陽気で弱虫、身近な存在として描かれる。
侍女たちが戻り、王子は、夜の女王の娘、パミーナがザラストロにさらわれたことを知らされる。パミーナの肖像に一目ぼれした王子は彼女の救出へと向かい、嘘がばれてとっちめられたパパゲーノは王子のお供を命じられる。 3人の童子に導かれ、ザラストロの神殿に到着してみると、ザラストロは実は聖人で、パミーナは無事だった。しかし、タミーノがパミーナと結ばれるためには試練を受けなければならず、パパゲーノとともに沈黙の試練に挑む。 侍女たちが二人を誘惑しようとするがかなわず、夜の女王はパミーナに「ザラストロを殺せ！」と命じるが失敗に終わる。 魔法の笛に守られながら、タミーノはパミーナと共に火と水の試練に打ち勝ち、聖なる仲間に加えられ、パパゲーノも最終的にパパゲーナというかわいいパートナーを得て、pa pa paの二重唱で生の喜びを歌う。「不正と闇は去り、賢き者に栄えあれ」。
パミーナに邪心を抱いていたモノスタトスは夜の女王側に寝返り、ともに復讐を試みるが落雷と共に打ち砕かれると、太陽の世界が現れ人々は叡智と神々をたたえる。